咸康二年（336年）的一个春日里，南琅琊郡衙门正式奠基，为了纪念这个不同寻常的日子，桓温在衙门的后院里亲手种下五棵柳树的幼苗，他一边种树，一边心里念叨着：“小树苗，你要给我好好长大，等到你们枝繁叶茂、腰大十围的时候，也许我就已经功成名就，解甲归田了。到时候我一定要再来看看你们！”
正当桓温在心里默默念叨的时候，一个衙门的快马进来通报了一个好消息，他的第一个孩子已经出生了。桓温吩咐了身边的郡丞几句后，就抛下公务，快马加鞭地孤身返回建康。
桓温见到了自己的亲生儿子之后难以掩盖自己的激动心情，孩子的名他早就想好了，就是象征兴隆和光明的“熙”字。他心想：“老子不避辛劳地在外面打拼，最终还不是要把功业传给你。你得跟老子所种的柳树一样茁壮地成长。”
遇上了长公主头胎生男孩的喜庆事，上至皇上弟弟，下至文武百官，难免又要热闹一场。等到桓温再赶回金城南琅琊郡衙门的时候，已经是差不多一个半月后的事情了。衙门正式落成后，大家就有很多工作要开展了。可是桓温让大家在第一年里面最好啥事都别干，就算发现民间有纠纷，也要本着息事宁人的态度，不告就不理。不过一旦不得不要出面处理，就一定要干好，免得在百姓当中落下不好的口碑。
经过一年多的无为而治后，南琅琊郡因为有免调政策，官府又不干扰民生，渐渐地人气也就旺起来了。在第二年里，桓温也要手下官吏别去扰民，但是派了一些人到各处访查，暗中了解各个地方的真正人口状况，以便为今后实施土断做准备。
经过两年的休养生息，南琅琊郡的人口流入增加了不少，经济也逐渐地繁荣起来了，郡治金城附近甚至出现了一个民间自发组织出来的草市。
桓温在南琅琊郡的举动甚至引起了在朝中当政的司徒王导的注意，王导当时已经是六十多岁的人了，抱着得过且过的心态，他再也意愿，而且也没有精力去大动干戈地推行一些虚耗自己元神的重大的政策。不过，当王导看到自己当年的政治理想被一个不知天高地厚的愣头青捡起来使用时，他对于这个愣头青还是能够刮目相看的，尽管桓温看起来明显是庾亮那一派的，但是他跟自己那行事乖张的儿子似乎又挺合得来，这倒是一件值得奇怪的事情。
咸康三年（337年），庾亮属下的长史、第一流的清谈大咖、中军将军殷浩有一次进京办事，可能是为了缓和与庾亮间的紧张关系，王导决定亲自出马与殷浩进行一场脱口秀，他不但约了左长史王濛、蓝田侯王述、镇西将军谢尚这些平时就已经很出名的大咖，还特意邀请了桓温这位平时自己不怎么在意的清谈新秀。至于为什么忽略了另一位比殷浩还略胜半筹的大咖刘惔呢？这是因为在桓温的撺掇下，刘惔已经不得不尚了晋明帝的女儿庐陵公主司马南弟，近来他正处于纠结的蜜月当中，说不定当这场轰动一时的脱口秀正如火如荼地进行的时候，庐陵公主的臭脚丫正好压在刘惔的脖子上。
脱口秀开始后，王导先是离座亲手去解下挂在帐带上的拂尘，对殷浩说：“我今天要和您一起谈论、辨析玄理。”接着两人就你来我往地进行了一场异常激烈的唇枪舌剑。两人巧设机关，密布陷阱，就等对方自投罗网；偏偏对方也是小心翼翼，步步为营，三过家门而不入。这真是棋逢对手，将遇良才，他们象鸭子拌嘴一样不停地来回诘难，根本没有空隙留下了给旁听的那些大咖们插嘴。两人一直脱到三更时分，谁也没能说服谁。不过王导毕竟年纪老迈，就示意停下了这场足以载入史册的脱口秀表演。
经过这轮尽情的辩论以后，王导慨然叹道：“俺一向谈沦玄理，竟然还不知道玄理的本源在什么地方。至于言辞和比喻不能互相违背的道理，正始年间的清谈，不就是这样的的吗？”第二天早上，桓温私下告诉别人说：“昨夜俺听殷、王两人清谈，心里觉得非常的美妙。谢仁祖跃跃欲试的，一点也不感到寂寞，我也时时心有所会，百感交集。再回头看那两位姓王的属官，就活像身上插着漂亮羽毛扇的母的宠物犬一样。”
到了南琅琊郡占有实土后的第三年，也就是咸康四年（公元338年），桓温才开始指示手下官吏对整个南琅琊郡进行全面的人口普查和户籍登记工作。在桓温强势而有力的督促下，南琅琊郡的户籍登记声势浩大地推进起来，在户籍登记检查当中，如果发现还未土断、还未改易白籍为黄籍的侨人，不论是王公贵族还是庶人，都要把他们的白籍改为黄籍。
土断和统一户籍的目的在于让侨人纳税服役，士族既然也同样是土断的对象，那么，他们在土断后，虽然可以不必与庶人一样“怀下役之虑”，但交税是必须的。
西晋有荫亲之制，官吏和他们的亲属多者九族，少者三世，都是可以免税的。土断是对西晋税制的一次重大改革。从咸和二年的第一次土断起，东晋官吏及其亲属从理论上就已经从可以免税的特权阶级而转化为纳税义务人。可是因为庾亮的政治鲁莽，苏峻被逼反了，这就导致了土断这一项非常有意义的重大政策完全被打断了。苏峻之乱平定后，经过几年的休养生息，在形势上又到了需要旧事重提的时候了，在理论上，当年颁布的土断的一系列的法令至今一直都在生效，可是，谁愿意挑这个头去执行呢？
高度渴望出人头地的桓温想成为土断的执法先锋，那琅琊郡就成为了他的试验田。不过这可不是一块容易啃的骨头，因为他的做法深深地触动着境内一批当初就随元帝南渡的原琅琊国士族及其后裔的切实利益，这些人当中还有不少是位高权重的，著名的琅琊王家就是他们当中的佼佼者。不过，为了整个政治大局着想，琅琊王家是基本上支持土断的。
桓温仗着自己的皇亲身份，强力推进，终于把南琅琊郡的人口状况全部厘清，为今后正常的征调收税打下了基础。
咸康四年（公元338年）五月，也就是石虎大军与慕容部昌黎之战后不久，东晋朝廷以司徒王导为太傅、都督中外诸军事，以郗鉴为太尉，庾亮为司空。到了六月，又重新设置丞相一职，以王导为丞相，此时的王导达到了一生地位当中的顶点。
当时王导的主政显得颇为颟顸，只能在表面上大体维持着安定的局面，各个地方上却是暗流汹涌，王导所委派的赵胤、贾宁和匡孝等诸将都是桀骜不纯的人物，朝中人士常为此感觉担忧和不安。陶侃逝世前就曾经打算因为这些原因起兵赶王导下台，但因为坐镇京口的大军阀郗鉴不同意，这才作罢。
庾亮兼并了陶侃的地盘后，又成为了朝廷上一股尾大不掉的方镇势力，他哪里还能容王导这个老糊涂这么得瑟，于是他又动起了废黜王导的心思，庾亮先写信给郗鉴，向他陈述了王导的过错，并客气地征求郗鉴的意见：
“昔于芜湖反覆谓彼罪虽重，而时弊国危，且令方岳道胜，亦足有所镇压，故共隐忍，解释陶公。自兹迄今，曾无悛改。
主上自八九岁以及成人，入则在宫入之手，出则唯武官小人，读书无从受音句，顾问未尝遇君子。侍臣虽非俊士，皆时之良也，知今古顾问，岂与殿中将军、司马督同年而语哉！不云当高选侍臣，而云高选将军、司马督，岂合贾生愿人主之美，习以成德之意乎！秦政欲愚其黔首，天下犹知不可，况乃欲愚其主哉！主之少也，不登进贤哲以辅导圣躬。春秋既盛，宜复子明辟。不稽首归政，甫居师傅之尊；成人之主，方受师臣之悖。主上知君臣之道不可以然，而不得不行殊礼之事。万乘之君，寄坐上九，亢龙之爻，有位无人。挟震主之威以临制百官，百官莫之敢忤。是先帝无顾命之臣，势屈于骄奸而遵养之也。赵贾之徒有无君之心，是而可忍，孰不可忍！
且往日之事，含容隐忍，谓其罪可宥，良以时弊国危，兵甲不可屡动，又冀其当谢往衅，惧而修己。如顷日之纵，是上无所忌，下无所惮，谓多养无赖足以维持天下。公与下官并蒙先朝厚顾，荷托付之重，大奸不扫，何以见先帝于地下！愿公深惟安国家、固社稷之远算，次计公之与下官负荷轻重，量其所宜。”
信中，庾亮首先回顾了当年陶侃欲废黜王导，自己反复劝阻的往事，然后，庾亮又指出了王导在成帝身边安插“武官小人”，愚弄皇上。等成帝成人之后，王导又“不稽首归政”，以致“万乘之君，有位无人”，这是指咸康元年（公元335年）成帝加元服后，王导仍然不归政于成帝。
不过庾亮的想法最终也没有得逞，姑勿论郗氏与王氏家族之间的私谊，颇有政治见地的郗鉴是不会同意因为政见不同就要大动干戈的，这会令已经饱受动乱之苦的百姓情何以堪呢？
虽然庾亮废黜王导的计划未遂，但是，庾亮虽然身在外藩，心里却想干涉朝政的做法令王导感到十分的不满。《世说新语，轻抵》记载：“庾公权重，足倾王公。庾在石头，王在冶城坐。大风扬尘，王以扇拂尘曰：‘元规尘污人。’”元规就是庾亮的字。
到了咸康五年（公元339年），南琅琊郡的所有政务都已经纳入正轨，还在考评当中被吏部列为优等。不过，这对于朝中而言，只是一件微不足道的小事，在这一年里面朝中所发生的最大的事情，莫过于庾亮私自杀了陶侃之子陶称。
陶侃死后，陶称在庾亮治下任南蛮校尉、南平太守，因为庾亮在荆州和江州正在一点点地根除陶侃的势力，陶称兔死狐悲，深感危险向自己日渐迫近。于是他偷偷向王导打小报告说：“亮当举兵内向，密为之防。”王导一贯是个以静制动，以不变应万变的老狐狸，他表面上作不以为然状，回信应道：“吾与元规休戚是同，悠悠之谈，宜绝智者之口。则如君言，元规若来，吾便角巾还第，复何惧哉！”意思是我和庾元规休戚与共，传说中我们哥俩不和的那些话都是谣言，到了智者那里就不会再流传了，即使庾元规真的带兵废黜我，来就来呗，那我就解职回家，又有什么可担忧的？王导最后还说：庾亮是皇帝的大舅，你应该服从他的命令。这陶称也就彻底绝望了，谁叫他老爸当年也曾经想过要废黜王导了。
不过呢，王导的这番话纯粹是以退为进的，其实王导和庾亮间的矛盾早已公开的秘密。由于王导表面上所采取的无所谓的高姿态以及及时地做了一些暗底下的政策调整，后来庾氏与王氏间矛盾也确实逐渐缓和一些了。
早在咸康五年（公元329年）年初，庾亮就开始计划北伐事宜。为了做好北伐的准备工作，庾亮上表请求朝廷任命驻守在襄阳的桓宣为都督沔北前锋征讨军事、平北将军、司州刺史，镇襄阳；其三弟临川太守庾怿为监梁州、雍州二州诸军事、梁州刺史，镇魏兴（陕西省安康市）；其五弟西阳太守庾翼为南蛮校尉，代理南郡太守，镇江陵。上述三人皆假节。庾亮又将豫州刺史的职务让给征虏将军毛宝，并以毛宝监扬州之江西诸军事、豫州刺史，与西阳太守樊峻一同率领精兵万人驻守邾城（湖北省黄冈市西北）。任命建威将军、南平太守陶称为南中郎将、江夏相，让他率领本部两千人进入沔水（即汉江）中游地区。
当陶称来到夏口见庾亮的时候，仅带领了二百名亲随，庾亮在接见陶称时，当众指责其前后的罪恶，陶称谢罪而出。庾亮命人在屋外将其拿下，当即就斩了首。此时庾亮并无使持节（平时可杀无官位之人，战时可斩杀二千石以下官员）以上的职权，根本就没有斩杀陶称的权力。陶称之死，当然与其离间庾亮与王导之间的关系有关，本质上却是诛灭异己的行为，从此庾亮也就大体上消除了陶氏遗留在荆州的势力。
为此，庾亮上书成帝自我辩护，说出了陶称四个罪过：
一是“父亡不居丧位，荒耽于酒。”这是说陶称的不孝，这是指在陶侃去世后丧归长沙之时，陶氏兄弟刀兵相向之事。
二是“昧利偷荣，擅摄五郡，自谓监军，辄召王官，聚之军府”。陶称原为南平太守，但是依仗陶氏在荆州根深蒂固，陶称擅自宣布自己监五郡。
三是骄纵不法。庾亮举出刘弘的曾孙刘安和陶称部将杨恭、赵韶的例子来说明，因为与陶称有言语冲突，陶称放出话来要杀掉这三人，刘安、杨恭吓得投水自尽，而赵韶在狱中自杀；陶侃去世之时，将军郭开跟随陶称去长沙奔丧，陶称怀疑他暗中勾结陶侃的其他的儿子，就将郭开捆绑在船帆之上，并用弹弓弹射他。“观者数千，莫不震骇”，而且还这样一直在江中走了二十多里。
四是“多藏匿府兵”、“要结诸将，欲阻兵构难”。
最后，庾亮还说：“苟利社稷，义有专断。”因此，我就擅自将陶称斩杀了。
庾亮的擅杀行为在朝廷上惹来了一片非议之声，再怎么说陶称也是一个厅级干部，怎么能够不经过朝廷的审批就咔嚓掉了呢？不过，非议归非议，谁又能够拿皇上的大舅咋办呢？
桓温在这件事情上的心情是复杂的：一方既是自己的救命恩人，又是自己所尚的长公主的大舅；另一方则是与自己无亲无故，甚至未曾谋面，但确实是自己所心仪的偶像的儿子。这时候，在朝中仍然处于无足轻重地位的中级官员桓温所能采取的唯一态度就是一言不发。不过，不说归不说，桓温难免还是要在心中嘀咕一下的。在他带有侠气的内心当中觉得：“陶公既然曾经在庾大人最艰难的时候不计前嫌地伸出援手，帮他度过了一生当中最大的危机，临死前又推荐了他，让他如愿地得到了梦寐以求的荆州地盘，而他现在却冷酷无情地干掉了恩人的儿子，这多少有点说不过去。不过，在这件事情当中，自己只是一个不相干的看客，真正为这件事情而纠结的恐怕是对陶公景仰有加的庾稚恭吧！”
桓温对于陶侃这一世英雄却生下了十几个乱七八糟的不成器的儿子也给予了深深的惋惜，听说他们在争夺遗产的时候还动了刀子。桓温心里想：“看来这关于儿子的教育也是个大问题，可不是象种棵柳树那么的简单哩，以后我得向长公主多灌输灌输些关于孩子教育的观点，免得她把俺的儿子给宠坏了。”
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